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对知识产权侵权纠纷以民事案件方式进行审理，还不足以有效地保护知识产权权利人的利益。从维护国家和公众利益的角度出发，有必要发挥国家政府机关行政管理的作用。 TRIPS协议承认知识产权是一种私权，但同时也并没有排除对知识产权采取行政保护措施的可能性。该协议将原关贸总协定的贸易争端解决机制引入知识产权保护，规定对不尊重成员国知识产权的国家可以进行贸易报复。在进行报复的情况下，受到报复的是一个国家，因而也就是该国家的社会公众，而不仅仅是具体当事人，这就将知识产权的保护提高到了维护国家利益的高度，远远超出了对一般民事侵权纠纷的立场。
二、关于举证责任的规定
本条第二款涉及到特定情况下的举证责任问题。
1。 新产品制造方法的举证责任
本款首先规定了涉及新产品制造方法的发明专利侵权纠纷的举证责任倒置，即对于涉及一项新产品制造方法的发明专利来说，在发生专利侵权纠纷时，制造相同产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证据。如果不能证明其产品是采用不同方法制造的，执法机关可以推定该产品是使用专利方法制造的。
“谁主张，谁举证”是民事诉讼的基本原则之一。我国民事诉讼法第六十四条规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据”。根据本条规定，在专利侵权纠纷中，提出指控的专利权人或者利害关系人应当首先承担举证责任，提供证据证明：第一，自己拥有什么样的专利权以及该专利权的权利状况；第二，被控侵权人何时何地进行了何种行为；第三，被控侵权人实施了其专利产品或者其专利方法，即实施行为的客体落人其专利权的保护范围之内。
但是，当专利侵权纠纷涉及一项产品制造方法专利时，由于制造方法只有在产品的制造过程中使用，要求权利人进入生产现场进行调查，取得被控侵权人使用了专利方法的证据是比较困难的。为了更为有效地保护专利权，本条对涉及新产品制造方法的发明专利作出了举证责任倒置的规定。
TRIPS 协议第34条规定， 如果专利的内容系获得产品的方法，司法当局应有权责令被告证明其获得相同产品的方法不同于该专利方法。 成员应当规定，至少在下列情况之一中，如无相反证据，则未经专利所有人许可而制造的任何相同产品，均应视为使用该专利方法而获得：（a）如果使用该专利方法而获得的产品系新产品；（b）如果该相同产品有相当大可能是使用该专利方法所制造，而专利所有人经合理努力仍未能确定其确实使用了该专利方法。我国专利法采用了TRIPS协议给出的方案（a）。
关于举证责任转移的规定，在专利法的两次修改中都作了修改。
1984年制定的专利法第六十条第二款规定，在发生侵权纠纷时候，如果发明专利是一项产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法的证明。然而，对于一项制造方法专利权来说，在任何情况下都要求被告承担举证责任也是不尽合理的。产品制造方法可以是新产品的制造方法，也可以是已知产品的制造方法。如果生产的产品是过去已知的产品，自然也就存在相应的制造方法。仅仅因为某人发明了一种新的制造方法，就要求生产已知产品的人在发生纠纷时不得不首先承担举证责任，显得不够合理。 考虑到这一因素，借鉴当时已经基本定型的TRIPS协议草案的规定，1992年第一次修改专利法时，在本项所述“产品”二字前增加了一“新”字。虽然仅仅增加了一个字，却大大限制了举证责任倒置的范围。这样，第一次修改后的专利法一方面将制造方法专利权的保护扩大到由该方法所直接获得的产品，从而大大增强了对方法专利权的保护力度；另一方面缩小了举证责任倒置的范围，使之更加合理，两者是一种法律上的平衡。
第一次修改后的规定还存在不够完善之处，这就是规定制造同样产品的单位或者个人应当提供的仅仅是“其产品制造方法的证明。”实践表明，仅要求被告提供“其制造方法的证明”，有时不能清楚表明被告实施的方法与专利方法之间的异同，不利于人民法院或者管理专利工作的部门认定是否构成侵犯方法专利权的行为，不利于达到规定举证责任倒置的立法目的。因此，专利法的第二次修改将其修改为：“制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明” 。修改后的条文克服了上述缺陷，同时与TRIPS协议的规定更加一致。
应当注意的是，本条规定举证责任倒置的原则，并不意味着当发生侵权纠纷时，制造方法专利权的专利权人只需要提出被告侵犯了其专利权的主张，就可以从此以逸待劳，坐等被告提供证据。专利法规定的举证责任倒置只是在特定情况下的例外，它是有条件的。若要让被告承担举证责任，一项制造方法专利权的专利权人在诉讼开始时需要提供证据证明：第一，被告制造、销售、使用或进口的产品与采用专利方法所直接获得的产品相同；第二，这种产品是新的。此后，才能由法院责令被告进行举证。
关于“新产品”的含义， TRIPS协议没有作进一步的规定，我国专利法和实施细则也没有作进一步的解释。我们认为，所谓“新的”不同于专利法所规定的“新颖性”，只要所涉及的产品在专利申请日之前是本国市场上未曾见过的，就可以认为是新产品，从而将举证责任转移到被告一方。
然而，要求原告证明所涉及的产品在国内市场上未曾出现过也是相当困难的。要证明产品曾经出现过，只需举出一个证据即可；要证明产品没有出现过，则是无边无际的事情，除了断言之外，很难想象原告如何举证。因此，一种观点认为在判断所涉及产品是否为一种新产品时，可以要求被告举出反证，也就是只要被告能够证明该产品曾经在国内市场上出现过，则不适用本款关于举证责任倒置的规定。这种作法相当于在所涉及产品是否为“新产品”的问题上也实行举证责任倒置，有超出本款规定之嫌。但是从可操作性的角度出发，舍此似乎又别无良策。这是专利法中的一个难题。从这一点出发， 采用TRIPS协议第34条规定的方案（b）似乎更好一些。方案（a）和方案（b）都是对举证责任倒置的适用作出一定限制，方案（b）的限制是“相同产品有相当大可能是使用该专利方法所制造，然而专利权人经合理努力仍未能确定被告确实使用了其专利方法“。对于这样的要求，专利权人比较容易举证，法院也比较容易判断，可以避免首先在确定举证责任倒置问题上就产生很大的争议，使侵权诉讼陷于难于顺利进行下去的境地。
2。 实用新型专利权人的特别举证责任
本条第二款还规定了实用新型专利权人的特别举证责任，即对于实用新型专利，执法机关可要求专利权人出具国家知识产权局作出的检索报告，作为其权利成立的初步证据。
在诉讼中由权利人提供证据，说明自己的权利状况本来是权利人的一般举证责任。在以往的司法实践中，只要专利权人出具国家知识产权局授予的专利权证书，包括发明专利证书、实用新型专利证书和外观设计专利证书，就可以证明自己合法拥有专利权。根据本款规定，实用新型专利权人在出具实用新型专利证书后，执法机关认为必要，还可以要求他出具国家知识产权局作出检索报告。这样，就为实用新型专利权人证明自己的权利状况规定了特别的举证责任。
本款实质上是对实用新型专利权的一种限制，其原因在于实用新型专利权的不确定性。 在各国专利法中，专利一般仅指发明专利。我国在建立专利制度时，考虑到我国的技术水平还不高，发明创造中技术含量较低的小发明较多，因此把实用新型和外观设计纳入专利保护的范围。但是，由于专利法规定对实用新型和外观设计专利申请仅进行初步审查，不进行实质审查，因此实用新型和外观设计专利权具有很大的不确定性。在实践中，公众中一些人对实用新型和外观设计专利权的不确定性缺乏清楚的认识，认为国家知识产权局对许多不具备条件的发明创造轻易授予专利权，影响了专利制度的形象。在专利法的第二次修改过程中，国家知识产权局、国务院法制办试图明确实用新型和外观设计专利与发明专利的差别，明确实用新型和外观设计专利权利的不确定性，构思了多种方案，包括在专利证书上明确指明实用新型和外观设计专利不经过实质审查；将实用新型和外观设计权利证书改为权利登记证书；要求专利权人举证等等。经过反复讨论，考虑到我国施行专利制度十几年来．大家对实用新型和外观设计制度已经比较熟悉，对其审查、证书方面的规定进行修改可能会造成大家认识上的混乱，最后采用了可以要求实用新型权利人出具检索报告的规定。这样的要求本来应当同样适用于外观设计专利权，但是由于进行外观设计检索在条件上存在困难，所以未对外观设计专利权作出相应规定。
关于实用新型专利检索报告的规定，有如下几点需要予以说明：
（1） 要求国家知识产权局作出检索报告的时间
本款规定，专利侵权纠纷涉及实用新型专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人出具由国务院专利行政部门作出的检索报告。从规定的文字来看，似乎可以得出这样的结论。即只有当人民法院或者管理专利工作的部门要求时，国家知识产权局才有必要对所涉及的实用新型专利进行检索。但是，从更合理的角度来看，应当允许实用新型专利权人在获得专利权之后立即请求国家知识产权局出具检索报告。其理由在于：本项规定的出发点是在一�