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同年6月13日，将距哈尔滨市中心区往南约20公里地区，当时称作滨江省平房镇，划定为关东军的军事特区。
在平房附近有三屯、四屯和五屯三个村落，军事特区大致设在这三个村落的中心位置。目前，关于其所在位置，曾有种种说法和写法，但满洲731部队的位置，这里是准确的所在地。
在禁止入内的约6平方公里的宽阔的军事特区内建设大规模的军事设施花费了一年多的时间。设施包括宿舍群、发电站、铁路支线、训练设施。平时可关押80100人的监狱、大大小小的许多研究室、训练用的马场、大礼堂、运动场和神社。
军事特区周围是架设着高压电线的土墙和壕沟。“加茂部队”从背阴河和滨江迁进了这个用铁丝网围起来的大军事设施之中，那是1939年，但是由于是分多批进驻的，准确的日子不得而知。“加茂部队”在这里一时改称“东乡部队”。在发生诺门坎事件（1939年5月8月）两年以后的1941年8月改用秘密番号“满洲731部队”。
在哈尔滨市以南约20公里地区建成的这一军事设施内，究竟发生了些什么事，进行了什么样的研究，当时是绝密中的绝密，是被封锁在军队厚厚的帷幕之中的。“即使是友军的飞机，擅自飞入上空时，也可以击落”。731部队甚至拥有专用的战斗机。
1949年12月在哈巴罗夫斯克远东军事法庭才揭露出这一部分的秘密。
本书发表的“要图”（本书后面的插页），是由笔者在《赤旗》报星期日版上执笔写连载小说《死器》时接触过的几位原731部队人员绘制的。它显示了关东军防疫给水部总部设施的全貌及部队部署。
这张“要图”标明了每一个编制名称和班名，并涉及了它的研究内容，指明了设施内的任务和分布。无论在战前或战后，这张图都是首次公开发表。
恐怖的课题组
根据前731部队人员们一致的证词，为了去平房附近设置关东军防疫给水部本部，必定要经过哈尔滨市内的秘密联络站。
哈尔滨市分为新旧两大区。在新市区吉林街有一幢叫做“白桦寮”的红砖建筑，它是三层的高大建筑（部分是两层），这里就是联接部队外部和内部的秘密联络站。
白桦寮和法国电影中常常出现的那种公寓相似，是一幢设有内部庭院的“口”字型的建筑，在入口处有大门，供部队的军用卡车和大轿车出入。队员们前往哈尔滨市时，先乘大轿车或卡车到白桦寮，在内部庭院里换上便装再出大门，前往哈尔滨市内。返回731部队时则按相反的顺序来进行。
哈尔滨市内当时设有花园小学、桃园小学、哈尔滨中学、哈尔滨女高以及作为培训满洲国官吏机构的哈尔滨高等学院等日本人学校以及许多教育设施。在这里上学的队员子弟们也是乘军用大轿车前往白桦寮内部庭院的。
白桦寮是一种像公用大厦的建筑。除此之外，也作为若干与军队有关的机关、团体的办公室、投宿、就餐来使用，表面上是满洲国政府接收的一幢建筑物，实际上是731部队的秘密联络站。不过，即使是哈尔滨市市内的日本人中也只有极少数人知道这一点。
从白桦寮出发，穿过哈尔滨市内，在左手方向可以看见忠灵塔，乘坐大轿车沿着宽阔的农村道路，摇晃约近一小时，通过新发屯，过五屯，来到右手方向可以看到四屯的地方就看到了与被叫做8372部队的航空队专用机场相邻接的、用铁丝网和土墙弯弯曲曲包围着的宽阔的一角。这就是731部队的根据地。
部队的设施大体上可划分为以下六个区：
（一）从其形状看，叫“口”字楼①，是集中设置第一部、第四部的各部门的主要大楼；
①口字楼的口是日语字母RO，由于该建筑呈四方形，又称方字楼。——译者
（二）同“口”字楼相毗邻的是总务部、器材部等所在的建筑，其中设有总务部和医疗部的大楼，叫“1号楼”；
（三）设有食堂和放映厅的大礼堂；
（四）负责进行少年兵和从全中国各地、日本各部队集中来的卫生兵等人员训练的教育部大楼；
（五）部队人员及其家属居住的宿舍区，叫“东乡村”，其中包括单身宿舍和部队修建的东乡神社；
（六）在哈尔滨市滨江车站附近，还有一座第三部和诊疗所的大楼（通常叫“南楼”）。
在上述设施中，前两区是由布满高压电铁丝网的土墙围起来的，这两栋楼通常叫“总部”。（“要图”中用黑粗线标志）
在“要图”中，虽然巳做了标记，但在这里再次说明一下731部队的组织概况：
部队长：石井中将（19361942年，1945年3月至战争结束两段时间任职，在19421945年2月期间为北野少将）
总务部：部长中留中佐（后由太田大佐接替）
第一部：研究细菌，部长菊地少将
第二部：研究实战，部长太田澄大佐（兼）
第三部：制造滤水器，部长江口中佐
第四部：制造细菌，部长川岛清少将
教育部：训练士兵，部长园田大佐（后由西中佐接替）
器材部：实验器材，部长大谷少将
诊疗部：附属医院，部长永山大佐
此外，731部队沿苏满边境还设有四个支部和一个实验机场。即海拉尔、林口、孙吴、牡丹江支部和安达实验机场。
在大连还有一个由安东工程师（将官）率领的满铁卫生研究所，它直辖于关东军，在同731部队密切合作下，制造菌苗，并进行各种实验，实际上也可以说是731部队的支部。
战后，人们把731部队通称为“石井部队”，是由于这里的大规模设施和组织，都是根据部队长石井中将的创议而设置的缘故。
从1939年建成一系列设施起，约有2600余人在731部队从事细菌战的研究工作。其中大部分人是由日本内地大学医学部、医科大学或民间研究所派遣来的研究人员和学者。他们的身份是军队职员或工程师。
部队里设有19个令人毛骨悚然的研究作业班，按照现在的说法，就是“课题研究组”，过去任何书刊都没有发表过它的全貌。整个组织情况如下：
特别班：负责管理“马鲁太”①
①“马鲁太”系731部队内对在押活体实验用人员的称呼，日语原意为“圆木”，在这里把人视为任其随意使用的实验材料。一旦被送进731部队，无论哪国人，都不再称呼人的姓名，而称XX号“马魯太”了。——译者
第一部：笠原班，研究病毒
田中班，研究昆虫
吉村班，研究冻伤
高桥班，研究鼠疫
江岛班，研究赤痢
太田班，研究炭疽
凑 班，研究霍乱
冈本班，研究病理
石川班，研究病理
内海班，研究血清
田部班，研究伤寒
二木班，研究结核
草味班，研究药理
野口班，研究立克次氏体（斑疹、伤寒等病原体）
第二部：八木泽班，研究植物
烧成班，制造炸弹
第四部：柄泽班，制造细菌
朝比奈班，制造伤寒及疫苗
在东乡部队时，原来已经确定了这些研究班的正式编制名称，如“第一部细菌课”、“第一部病理课”等。但是东乡部队改称731部队以后，完全隐蔽了正式课名，从保密要求出发，只称呼班名。
这些班名是部队内部使用的一种“隐语”，正式编制名称是第一部下属14个课，如第一部田部班是第一课；凑班是第二课；江岛班是第四课；高桥班是第五课；石川班是第七课；吉村班是第八课；二木班是第十一课等。
在“课题研究组”编制表最前边列出了一个“特别班”负责管理“马鲁太”。
“马鲁太”是什么呢？
被剥夺了人格的“人”
所谓“马鲁太”就是指关东军宪兵队和特务机关以及它所管辖下的“哈尔滨保护院”里关押的苏联人、中国人和蒙古人俘虏（也包括朝鲜人）。
关东军宪兵和特务机关逮捕了潜入中国各地的苏联红军情报军官、在作战中成为俘虏的中国红军（八路军）干部及战士、为反对日本帝国主义的侵略而参加抗日运动的中国记者以及学者、工人、学生乃至他们的家属等许多人。
关东军把捕获的俘虏叫“马魯太”，一律以特种转移的方式由各地送往731部队“口”字楼内的特设监狱之中。
被关东军逮捕的爱国者们，遭受非人的待遇，仅仅是被当做一块圆木头来使用的“马鲁太”。
由于是“马鲁太”，也就无须有人的姓名。凡是送往731部队的“马魯太”，每个人都编上一个三位数字的号码。然后按编号分给前面谈到的各个班，归各班所有。根据研究目的的需要，他们把“马鲁太”当做进行活体实验的“材料”来使用。
对部队的各个班来说，“马鲁太”的经历、人格自不待言，就连年龄也是毫无意义了。
在被送往部队之前，无论宪兵的审问是多么地残酷，“马魯太”仍然是会开口说话的人。
但是，自从他们作为“马鲁太”被关进部队之日起，全部都变成了无法生还的实验材料。
也有一些女的“马鲁太”，她们是以反日分子的嫌疑而被逮捕的俄国女人和中国的女学生。女的“马鲁太”主要用来作为性病的实验材料使用。
在部队“口”字楼的中间，有一幢混凝土的二层建筑，周围是用长廊围起来的。这里有许多单间牢房，每间牢房都有一个小窗户。这幢混凝土建筑同各研究班直接相联接，叫“马鲁太小屋”（即731部队特设监狱）。
特别班管辖的“马鲁太小屋”，左右分为两个部分，通常称做“7号楼”和“8号楼”。从移驻平房初期起，各建筑物就从1号起按顺序以编号称呼。原则上“7号楼”是关押男的“马鲁太”，“8号楼”是关押女的“马鲁太”，由于女的“马鲁太”少，有时“8号楼”也关押男的“马鲁太”。
据被告人川岛在哈巴罗夫斯克军事法庭上所作的证词，731部队经常关押着二三百名“马鲁太”。实际数字没有记录。
根据各班的实验研究的不同目的，