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表情一本正经,应该正在开动脑筋思考。“那我就抛开固有观念,纯粹从逻辑角度谈谈。”
“请讲。”
“我明白你父亲制定这个计划时的想法。”
“什么?”研人惊愕地探出身子。
“成功实施这个看似不可能实现的计划的条件只有一个,即‘gift’这个软件十全十美。”
“十全十美?”
正勋点头道:“如果能准确建立受体模型,并完美设计出与其结合的药物的化学结构,那接下来只需按部就班地操作就行了。”
“就是说,接下来只需要按照药物的化学结构将其合成出来?”
“不错,所以说,你父亲制定的研究步骤,是成功合成药物的最基本条件。”
如果制药软件能生成完美的设计图,那合成出化合物就等于制造出药物。姑且不论假设是否成立,单从逻辑角度看,这一论断确实没错。
a4大小的白色笔记本电脑中有必要的软件,就使用这台笔记本吧。
原来父亲在遗书中,给出了充分的指示。正勋说得对,只要“gift”软件十全十美,父亲的计划肯定就能成功实施。
“可这个世界上有那么强大的软件吗?”
“没有。”正勋断然否定。
研人大失所望,“那逻辑上成立有什么用?”
“我那么说是出于对你父亲的尊敬。”正勋笑道,朝更大的电脑伸出手,“咱们看看‘gift’软件吧。”
电脑很快启动,屏幕上浮现出“变种gpr769”的cg图像。正勋惊叫起来:“这是什么?”
“从专业角度看,果然很奇怪?”
“我还从没见过如此真实的图像。唔……怎么说呢?这么设计还是有道理的。”
正勋注视着七个α螺旋组成的跨膜结构受体,过了好一阵子,他才移动鼠标,敲击键盘,确定“gift”的各项功能,嘴里不时嘟哝着“原来如此”或“怎么回事”,间或还笑出声来。查看完毕后,正勋说:“真是不可思议!这个软件领先了当今科学水平五十年。以现代人类的水平,不可能写出这样的软件。”
“就是说,它超越了人类智慧?”
“对,超越了人类的智慧。通过基因的碱基序列,就能知晓受体蛋白质的立体结构,从而设计与其结合的药物的化学结构,还可以预测药物与受体结合后的复合体的结构。对了,这是什么?”
第14章 海斯曼报告(13)
菜单中有一个写着“admet”的选项。这一术语同研人的专业有关。“这是吸收、分配、代谢、排泄和毒性等五个英文单词的首字母缩写,是药物进入体内后的状态指标。”
“哦……”正勋似乎明白了,“是药物在体内的动态和毒性吧?”
“这个软件,连‘admet’都可以预测?”
“嗯,光看这个功能,并没什么好稀奇,因为其他软件也能预测药物在体内的动态和毒性。但‘gift’还可以指定生物种类,选择人或鼠。还有基因组输入栏,必要时实施定制医疗。”
研人也开始真切意识到“gift”这个软件有多么不同寻常。“如果这个软件十全十美,那就不需要临床试验了。”
“嗯。整个制药工程都可以由这个万能软件承担。人要做的,只是合成药物和确认结果而已。”
研人和正勋相视而笑。
“接下来——”正勋再次看向电脑,似乎对这个神奇的软件倍感兴趣,“我们来找找这个软件并不完美的证据吧。你有什么好办法?”
“不知道这个有没有用?”研人将塞在书架上的一摞纸拿出来,那是实习医生吉原下载的肺泡上皮细胞硬化症的相关论文。“葡萄牙的研究人员发布了刚才提到的那种受体的立体结构。”
正勋浏览了一遍论文,喃喃道:“是同源建模啊?太好了。”然后反复比对“gift”中的图像。真实的cg图像变成了由球和带组成的抽象模型。将受体的活性部位放大后,与配体结合的部分就从原子层面上显示出来。
“果然如此。”正勋说,“两种模型差别很大。原子坐标的数值也不一样。”
“这么说,‘gift’是骗人的?”
正勋却苦着脸说:“现在还不知道。从逻辑上说,有三种可能:葡萄牙的研究人员错了,或者‘gift’错了,或者两者都错了。”
研人对正勋不肯轻易下判断的态度深表敬佩。强大的逻辑思维能力是科学工作者唯一的武器。
“其实,计算机辅助药物设计已经遇到了瓶颈。就算是最先进的软件,也很难准确预测膜蛋白质的立体结构。葡萄牙的博士多半也使用了错误的模型。”
正勋打开自己笔记本电脑中的软件,拷贝了碱基序列的信息,输入“gift”。“这种蛋白质的结构是已知的,我们来做个试验,对比一下‘gift’生成的结果吧。”
敲击回车键后,屏幕上出现了一串英文:请连入因特网。
“这是为什么?”正勋不解地问。
研人将高速因特网的网线接入a4大小的白色笔记本电脑。机器接入赛博空间后,“gift”的画面也改变了。
remaintime00:03:11
这个数字正在逐秒递减。
“只要三分钟?”正勋嘟哝道。
三分钟后,“gift”就给出了答案。窗口中浮现出正勋指定的蛋白质的立体结构。正勋仔细比对,神情越来越严肃。“奇怪,这个软件准确描绘了一百个氨基酸构成的蛋白质的结构。”
研人也惊讶不已。这不就证明了“gift”是完美的吗?
但正勋仍然没有立即下结论。
“我首先想到的是,这个软件是冒牌货。”
“那它怎么能模拟出蛋白质的结构?”
“它要求在计算时连上因特网,对吧?”
“嗯。”
“它可能找到网上已有的蛋白质结构,假装是自己计算的结果。只要接入蛋白质数据库,就能找到许多类似的信息。”
“原来如此。”研人说,但马上又发现了新问题,“可是这样一来,我们不是就无法判断‘gift’的真伪了吗?”
“不错。我们无法辨别‘gift’是自己计算出正确的结果,还是盗用了别人的发现,因为正确的结构只有一种。但如果计算未知的结构,那谁都不知道‘gift’和其他的模型谁对谁错。”
他们似乎中了一个狡猾至极的圈套。不过,倘若“gift”是冒牌货,那到底是谁出于何种目的,大费周章地开这种玩笑?
正勋问:“你父亲熟悉编程吗?”
“完全不懂。”
“那他是从哪里得到这个软件的?”
“不知道。”
礼物——这个软件的名字,渐渐飘散出阴森的气息。
“还有一种可能,即‘gift’确实是十全十美的。当然,这只是假设。”正勋强调道,“如果这一假设成立,那‘gift’就可能是装有云系统的黑客软件。”
“云系统?”
“是的。这是寻找外星人的‘seti计划’用的方法。要从宇宙电波中探测出可能是智慧生命发射的信号,需要异常庞大的计算量。于是该计划招募了大量志愿者,将他们的电脑联网,利用他们电脑cpu的一部分进行计算。数十万台电脑集中起来的话,其计算能力将超过超级计算机。”
“我能说句题外话吗?”
“可以。”
“他们有没有找到外星人?”
“还没有。”
研人有点失望。
“银河系中心发出的来历不明的电波,过去只检测出六次。现在这些电波仍然是个谜。世界各国的天文学家,已经制定了报告程序,应对找到外星人的情况。”
“哦。”
“言归正传。”
正勋迅速将关注点从外星人转移到“gift”上。
“决定软件性能的重要因素有两个:电脑的计算能力和算法。”
“算法指的就是计算步骤吧?”
“不错。省略无用的计算,用更少的步骤获得正确的答案。”
研人拼命思考,理解这些非专业知识。
“如果这台电脑接入了分布式计算系统,将计算任务分配给其他电脑,那计算能力就会大大提高。但是,即便将一亿台电脑连起来,也不可能完成分子动力学模拟计算。”
这一点研人也明白。正因为计算不完美,才要在制药过程中收集与结构活性相关的数据,研究更合适的化学结果。发达国家之所以争相研制超级计算机,也是因为计算能力与科学技术水平直接相关的时代已经来临。
“能弥补计算能力不足的,是简化计算步骤,也就是算法。尽管使用了各种方法,但完美的算法是不存在的。算法不同,答案也会不同。这就是当今科学的局限性。换言之,目前人类所掌握的计算能力还不够强,也没人发现完美的计算步骤。”正勋做出结论。
研人道:“也就是说,‘gift’不可能十全十美。”
“根据常识判断,应该如此。”正勋答道,但脸上依然带着不确定的神色。
“你还有什么疑惑?”
正勋的话突然含糊起来:“怎么说好呢,那种感觉……”
“感觉?”
“嗯……这个软件,用起来感觉很奇怪。”
“怎么说?”
“唔……怎么说呢?”正勋揪着头发,将他心中异样的感觉翻译成日语,“用的时候觉得,这软件真像是万能的。”
这种感觉,恐怕只有精通软件的正勋才明白吧。
“开发这个软件的,应该是非常优秀的研究人员。从表面上看,他对分子层面和电子层面极其复杂的生命活动都了若指掌。倘若这个软件真的能用,那授予开发者多少个诺贝尔奖都不为过。”
研人也有同感。
“不过,好像也没有直接证据表明,这个软件是冒牌货。这软件设计得太巧妙了。”
“开发这个软件的人有何目的呢?”
“这也是个谜。在专家眼里,这个软件是‘不可能存在的’,而普通人又不知道这是什么软件。”
研人闻言大悟,“