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类大多数处于悲惨地位，为了重新分配财产，立法者提出的方案再多也不算过分，只是要注意让这种财产的再分配不要违背人之常情。因此，各种遗产平均分配给所有子女，或所有兄弟和姐妹，或其他亲属，是一个政治措施，并且是切实可行的措施。另一个静静地减轻财产不平等的方法便是豁免所有财产在一个数量等级以下的人的税捐，而对于财产在这个数量等级以上的人们，按几何级数征税。无论何时，不管在什么国家，只要有未经耕种的土地和失业的穷人，那么显然财产的法律已经扩张到了违反自然法则的地步。”这一前瞻性的思想，带有革命的性质，在当时是很少人能够认同的。杰佛逊没有公开地发表和论述这一调整财产权的思想，但是一直在思考，一直在修饰这一思想，以期表达得能为人理解和接受。在给麦迪逊的信第一次提出这一说法以后，整整34年里，他几次给麦迪逊的信中重复这一思想。最后一次完整地阐述，已经是80岁高龄了。
独立战争期间，杰佛逊在弗吉尼亚从事地方政治，一度当选为独立后的弗吉尼亚州长。在州长任上，事实证明他当时并不擅长也不喜欢行政事务。最后他迫不及待地回到家里，似乎他更愿意回到安静的读书和思考之中。山中的乡居之所，似乎成了他不愿意离开的世外桃源。
1779年，独立战争期间，杰佛逊在弗吉尼亚州议会。他和他在威廉和玛丽学院的老师，著名法学家乔治·怀思，以及艾德蒙·平特尔顿等一起，提议全面修正弗吉尼亚的法律，使之符合独立后的现实。他们向州议会提出了126项法案。这些法令涉及了杰佛逊对一些根本性政治问题的思考，其中包括杰佛逊起草并引以自豪的“弗吉尼亚宗教自由法令”。可是，州议会搁置了审议通过这些法案的动议，而杰佛逊本身随后被大陆议会派往法国。这一拖就拖了五六年。
1784到1786年间，詹姆斯·麦迪逊主持弗吉尼亚州议会。在历史上，弗吉尼亚的主流宗教是Anglican，即英国国教在殖民地的分支。殖民时期的弗吉尼亚，几乎是政教合一的体制。1785年，弗吉尼亚州议会里，有人提出征收一项税，用以支持“基督教的教师”。在麦迪逊的带领下，弗吉尼亚州议会否决了这一税收法案。麦迪逊趁热打铁，重新提出了杰佛逊起草的宗教自由法令，并且得以通过。从此，打开了美国用法律来保障宗教信仰自由的大门。
杰佛逊在《弗吉尼亚宗教自由法令》里写道：“如若我们允许政府官吏把他们的权力伸张到信仰的领域里面，容许他们假定某些宗教的真义有坏倾向，因而限制人们皈依或传布它，那将是一个非常危险的错误做法，它会马上断送全部宗教自由，因为在判断这些宗教的倾向时，当然是这个官吏做主，他会拿他个人的见解，作为判断的准绳，对于别人的思想，只看是否和自己的思想相同或不同，而予以赞许或斥责。”
对杰佛逊来说，宗教自由是一种自然权利。这种权利，不论现在还是将来，都是神圣不可侵犯的。宗教自由是自由中的自由，是一切自由的根本，那就是意志的自由、精神的自由、人的内在状态的自由。宗教自由的法律意义是双层的：第一层是，个人的宗教信仰不受政府的干扰和侵犯，每个人都有权信仰和崇拜自己的上帝；第二层是，政府不能使用公权力来扶植或打击某个宗教，任何宗教也不能侵入政府事务。用现代的术语讲，前者叫做宗教信仰自由，后者叫做政教分离。
特别有意思的是，在短短三节文字的最后一节中，杰佛逊对着子孙后代说了这样一段话：“虽然我们都很清楚地知道，我们这个议会，只是人民为了立法上的一般目的而选举成立的，我们没有权力限制以后议会的法令，因为它们具有和我们同样的权力，所以，如果我们此时声明这个法令永远不得推翻，这没有任何法律上的效力；但是我们还是有自由声明，同时必须声明，我们在这里所主张的权利，都是人类的天赋权利，如果以后通过任何法令，要把我们现在这个法令取消，或者把它的实施范围缩小，这样的法令，将是对天赋权利的侵犯。”
那是1781年夏天，美国还没有打赢战争，还保护不了杰佛逊。为逃避英国人的追捕，他躲在自己家的偏远种植园，给一名法国贵族提出的问题认真作答。他记下答案，集在一起，就是著名的《弗吉尼亚笔记》。杰佛逊一生写了无数的文章书信，这却是他惟一的一本书。
这是一本有关弗吉尼亚和美国的百科全书般的著作。杰佛逊使用他的读书笔记，分23个问题，叙述了大至山川河流，小至花草动物，从典章制度、人种宗教，到历史文化、共和宪政。只有杰佛逊这样的人才会写这样的书，既涉猎广泛，又有一定深度。在政治哲学领域，杰佛逊精彩地叙述了“自由政府”的概念，特别强调了宗教信仰的自由，教会和政府的分离，以及代议制政府优于专制政府的道理。这本书几乎是杰佛逊知识追求和智慧的象征。
妻子病重，在独立战争期间，他基本上留在自己家中。在妻子早逝之后，杰佛逊有了非常大的改变。他离开了人们以为他不舍离开的家，接受了出使法国的使命，一下子远去欧洲。此后，杰佛逊一直以他前所未有的热情，投身在政治和具体的公众事务之中。
杰佛逊对他能见到的世界怀有全方位的兴趣和探索，这是一种极为难能可贵的素质。他的这种品质在他出使欧洲、具有更辽阔和更丰富的文化视野之后，被推向了极致。他完全不顾自己的财务状况，广泛收集他有兴趣的东西。多年后在美国需要建造首都的时候，他在自己的收藏里翻一翻，就马上送来了成套、可供参考的欧洲各大首都市政规划和建筑图。
托马斯·杰佛逊可能自己也知道，在思想和文化气质上，他是前瞻的自由派，美国革命却是保守的革命，可能法国人更容易理解他。《弗吉尼亚笔记》1785年首先出版于巴黎，立即受到法国人的欢迎和好评。杰佛逊认为，这种好评是因为法国哲学家头脑更开放，更能接受诸如宗教自由和民主改革这样的概念，更赞同美国应该解放奴隶，废除奴隶制等观点。这些观点，在美国本土不一定像在法国那样受人欢迎。杰佛逊说，他只希望让母校的大学生都读到他的书，也希望一些能够理解他的人来读他的书，而并不指望他的著作在美国广为流传。由此可见，杰佛逊自己也知道，他在思想上走在美国其他人的前面，是和其他人有一段距离的。他的观念预言了美国走向民主的未来。
杰佛逊是启蒙时代那种尊重思想、崇尚探索自然和社会的人。他们把学问、探索、思想等活动看得很神圣，最忌讳的就是预定的框框，特别是由政府权力来预定框框，认为这是对人类思想的一种冒犯。共和体制相比帝制之所以优越，首先就在于帝制是必然要给民众的思想套上框框的，是要规范民众思想言论的，而共和体制的本意就是不给民众套思想框框，是尊重民众知的权利和反对被愚弄的权利。
杰佛逊认为，人类的尊严来自于思想的自由。正是出于这样的原则，杰佛逊在立国先贤中是最明确地反对宗教极端主义的，因为任何宗教一走极端，必然规范信徒的思想，妨碍探索和思想的自由。杰佛逊和富兰克林、华盛顿等开明思想家一样，他们都生活在普遍信奉基督教的社会，从小接受了基督教信仰，但是在宗教信仰上不偏执、不狭窄。他们相信人有怀疑、探索的权利，宗教不应该妨碍这种权利。他们相信神的存在，但是不拘泥于《圣经》的教义。在宗教上，他们更接近自然神论。这种宗教观使得他们同时能够吸收启蒙时代的知识和思想，使自己的宗教观和探索自然、独立思想的原则相统一。在这方面，杰佛逊是一个十分突出的人。他曾经想对《圣经》做一番辨伪存真的工作：用剪刀加浆糊，把一整本《圣经》拆开，剪去他认为经不起推敲的以讹传讹的东西，留下他认为可信的东西。这样一番修剪，《圣经》只剩下了1/10的篇幅。这就是后来所说的“杰佛逊版圣经”。在那个年代，能够对《圣经》动剪子，这本身是非常特别的，没有很强的对理性的信念，根本就不敢那样做。这同样也说明，杰佛逊不是所谓无神论者，而恰恰相反，他是有宗教信仰的。他对原则之正当性的信心，不是来自无神论式的纯理性推论，而是来自信仰。在他脑子里，信仰和思想是一致的。
1789年费城制宪会议一结束，这个会议上三位最重要的人物立即分别把美国宪法的拷贝送达巴黎的杰佛逊。华盛顿将军送去一份，“宪法之父”詹姆斯·麦迪逊送去一份，本杰明·富兰克林送去一份。可见杰佛逊在当时政治家心目中的地位有多重，可见大家都想知道杰佛逊是什么看法。
杰佛逊对宪法有两点不满。
第一点是，宪法缺少一份权利法案，即有关个人基本权利的保障。在他参与制定的弗吉尼亚宪法、其他各州的宪法，都有类似的法案。杰佛逊认为，一份宪法固然是关于政府的组织功能，是人民把权力转让给政府的授权书，但是，它应该包括限权的条款，明确指出什么权利是人民的，不能转变为政府的权力。这些权利就是个人的自然权利，包括宗教信仰的自由、新闻自由、人身保护令状、由陪审团审判的权利等等。他说，权利法案就是人民有权和地球上一切政府相抗衡，这种权利是任何政府都不能侵犯的。
第二点是，宪法没有设计出政府官员轮换的规定。他认为宪法规定的立法和行政官员的任期太长，应该限制连任的任期。这是为了防止官员在权力位子上待长了，想方设法霸住权力不放。杰佛逊认为，应该一开始就预防这种情况。政府应该是铁打�